面向农业绿色发展、大食物观、粮食安全等国家重大战略需求。定位于应用基础研究，向基础研究和应用研究延伸。针对我国农业微生物优质产品缺乏、自主创新不足、关键技术受制于人等瓶颈问题，以实现我国农业微生物种质资源和产品自立自强、创新引领为使命，突破农业微生物结构与功能解析、农业微生物－宿主－环境互作机制等重大科学问题，攻克农业微生物“穷尽式”分离培养、农业微生物高效基因编辑与智能改良、活性化合物分子设计与微生物合成、微生物－宿主－环境互作表征系统等核心关键技术，选育、改良和创造新型农业微生物种质资源，创制微生物农（兽）药、农业环境修复制剂、微生态制剂、微生物蛋白和食物等新型农业微生物重大产品，打造国际一流的农业微生物领域战略科技力量，引领农业绿色发展。