依托华中农业大学建设的农业微生物学国家重点实验室（以下简称实验室）是在我国土壤微生物学学科的奠基人、中国科学院院士陈华癸教授创建的微生物学国家重点学科的基础上逐步发展，并主要整合校内优势学科即国家重点学科生物化学与分子生物学和省级重点学科预防兽医学等的相关研究力量而组成。1990年由农业部批准建设，1992年经专家评估，被确认为“农业部农业微生物重点开放实验室”。1996年、1999年和2002年连续三次参加了农业部组织的重点开放实验室评估，均被评为农业部优秀重点开放实验室。2002年经申请和论证，被命名为“农业微生物教育部重点实验室”。2003年12月，经科技部批准立项建设“农业微生物学国家重点实验室”，2006年10月通过科技部验收。1996年、2001年、2006年、2011年分别参加了科技部组织的生命科学领域国家重点实验室和部分优秀的部门重点实验室评估，均被评为良好。