农业微生物学生物信息中心(http://ibi.hzau.edu.cn/bcam/)集成众多基因组,转录组,蛋白质组,代谢组以及蛋白质相互作用的开源软件;以及自主开发的基因组分析软件,主要提供包括数据库服务,在线分析,工具软件下载等几个方面的服务。
数据库
基因以及基因组数据库,主要以我们已经完成测序的
10
株胸膜肺炎放线杆菌,
7
株苏云金芽胞杆
菌,
1
株枯草芽胞杆菌和
1
株副猪嗜血杆菌为基础,同时结合
genbank
中发表的相关基因组,建立
数据库。主要包括各个菌株的基本信息,基因以及对应的产物的信息。在此基础之上,通过比较
基因组学建立二级数据库,比如相关细菌
sRNA
预测数据库,比较基因组学数据库,转录因子数
据库,代谢通路数据库,插入序列数据库以及蛋白质相互作用数据库等等。
特色数据库
苏云金芽胞杆菌杀虫晶体蛋白以及其活性数据库,集成晶体蛋白以及杀虫活性两个数据库,用户
可以方便地检索数据库,获得感兴趣的信息;同时数据库提供在线提交功能,用户可以方便地提
交数据。
csaB
数据库:用户可以查询以
csaB
作为分型标准的蜡状芽胞杆菌群菌株间的进化发育关系,同
时用户可以通过在线分析感兴趣的菌株的
csaB
基因以确定该菌株的分类地位